বিচার কার্যক্রম শুরুর প্রথম দিনেই আওয়ামী লীগ সভাপতি শেখ হাসিনা, সাধারণ সম্পাদক ওবায়দুল কাদেরসহ ৪৬ জনের বিরুদ্ধে গ্রেপ্তারি পরোয়ানা জারি করেছেন আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল। গত জুলাই ও আগস্টে বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলন চলাকালীন সংঘটিত গণহত্যার অভিযোগে এই আদেশ জারি করা হয়েছে।

এর আগে বৃহস্পতিবার (১৭ অক্টোবর) সকাল ১১টায় জুলাইয়ে ছাত্র আন্দোলন চলাকালীন মানবতাবিরোধী অপরাধের অভিযোগে শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে গ্রেপ্তারি পরোয়ানা জারির আবেদন করেন চিফ প্রসিকিউটর অ্যাডভোকেট মোহাম্মদ তাজুল ইসলাম। বিচার কার্যের এক পর্যায়ে গ্রেপ্তারি পরোয়ানা জারির আদেশ দেন ট্রাইব্যুনালের চেয়ারম্যান বিচারপতি মো. গোলাম মর্তূজা মজুমদারসহ অপর দুই বিচারকের সমন্বয়ে গঠিত বেঞ্চ।